Вакцинация безопасна и обычно вызывает незначительные и временные побочные эффекты, например, боль в руке или небольшое повышение температуры тела. Возможны и более серьезные побочные эффекты, однако они встречаются крайне редко. 

Любая лицензированная вакцина перед выдачей разрешения на ее использование проходит тщательную проверку в рамках нескольких фаз клинических исследований, а после внедрения является объектом регулярной оценки. Ученые также постоянно отслеживают поступающую из ряда источников информацию на предмет обнаружения признаков того, что та или иная вакцина может представлять опасность для здоровья. 

Необходимо помнить, что риск причинения серьезного вреда здоровью в результате предотвратимого с помощью вакцин заболевания гораздо выше, чем риск, связанный с вакцинацией. Так, столбняк может вызывать острейшие боли, судороги и тромбозы, а корь может привести к энцефалиту (инфекции головного мозга) и слепоте. Многие заболевания, предотвратимые с помощью вакцин, могут даже закончиться смертельным исходом. Преимущества вакцинации значительно превосходят риск, и без вакцин в мире происходило бы на порядок больше случаев болезни и смерти.